取消农业税之前，有过农村调查经验的人都知道，乡村关系与《村委会组织法》规定的指导与被指导关系有很大的差异，其中最为明显的是乡村之间似乎形成了一个强有力的利益共同体，乡村关系似一个黑洞，吞噬了所有村干部。即使选举出来的村干部，也很快被乡村关系的黑洞吞噬进去。因为乡镇的强有力及村干部难为村民谋利，村民对选举失去信心和兴趣，村民自治成为空谈。
乡村之间之所以会形成利益共同体及村民自治之所以会成为空淡，其原因在于乡镇掌握着比村民多得多的经济、政治和组织资源，在市场经济条件下，以户为单位的小农很难联合起来，形成与乡村组织强有力的谈判能力，而乡镇是高度组织起来的力量。当乡镇要求村干部为了乡镇目的而工作时，村干部面对着力量完全不对称的乡镇和村民，很快便会倒向乡镇一边。在强势乡镇力量的介入下，村民自治就没有可能。
乡镇的主要目的是从村庄收取税费。不仅县市事实上是以乡镇完成税费任务的状况来考评乡镇的政债，而且乡镇不能完成税费任务，乡镇就无法支付教师工资，无法维持乡镇运转，也无法完成种种自上而下的达标升级任务，及其中可能搭车捞取的灰色好处。
面对千家万户的小农，乡镇无力直接收取税费，因此，乡镇收取税费，离不开村干部。村干部是村民选举产生的，村干部没有协助乡镇向农户收取税费的积极性。乡镇为了及时、足额地完成税费任务，就需要调动村干部的积极性，其办法不仅有直接撤换、点名批评，而且往往默许村干部在完成税费任务时，搭便收费，或从村庄获得其他好处。一句话，乡镇为了调动村干部协助收税费的积极性，而默许乃至鼓励村干部损害村庄或村民的利益。
有了乡镇默许乃至鼓励，无论是否选举产生的村干部，都愿意利用政策的模糊地带，从可能之处捞取好处。比如搭车收费，比如将村集体资产低价拍卖，比如高息借贷，其中的借贷对象可能就是村干部本人，以从中获取高息等等。有乡镇的默许，有村干部谋私的积极性，而村民又是原子化的难以组织起来的力量，村集体利益很快就被乡村合谋捞取一空，村民的长期乃至短期利益都会受到损伤。
村干部在村庄捞取好处，村民都知道，他们心中憋气、不满，他们因此上访，或写信举报村干部的劣迹。乡镇知道村干部的劣迹，但乡镇不会查处这些有劣迹的村干部。有一个乡镇党委书记对我说，我当然知道村干部贪污，但我不能查处他们，因为查处一个村干部，其他村干部就不再有协助乡镇完成税费任务的积极性。农民越是不愿交税费，收取税费越是困难，乡镇就越是要给村干部以捞取灰色利益的好处，且乡镇就越是要保护村干部，乡村之间的利益共同体就越强固，村民自治也就越是会流于空谈。
取消农业税之后，乡村关系发生了巨大变化，因为乡镇不再需要村干部协助收取税费，反过来，村干部报酬往往由自上而下的财政转移支付来负担。当乡镇不再需要村干部收取税费时，一个有责任心的乡镇负责人，就会利用村民自治组织原则，通过选举的办法，将那些总想从村民手中谋取好处的村干部选掉，他们也敢于查处那些村民举报的有经济问题的村干部。简单地说，取消农业税以后，之前存在的乡村利益共同体，就有了被打破的希望，村民自治也就有了真正实现的可能。
遗憾的是，国内学界及政策部门，对于取税农业税对乡村关系的此种影响，感觉甚不敏锐，并因此提出或实践着一些大成问题的乡村体制改革方向。具体来说，当前国内学界及政策部门的主流思路是，既然乡村组织过去没有干什么好事，取消农业税以后，乡村财政收入也大为减少，为了应对乡村财政减少的压力，取消农业税政策“倒逼”乡村体制改革，撤乡并镇、合村并组、取消村民组长、精简机构、减少人员等等，无一不是要将乡村组织从农村中撤出，从
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